(一)内河运输业务费用按以下程序与方法进行归集与分配
1.船舶直接费用应按照客轮、客货轮、货轮、油轮、拖(推)轮、驳船等船舶类型在“主营业务成本——运输支出”科目设置明细分类账，按规定的成本项目设置专栏。也可根据本单位成本管理的需要，按航次、航线和单船设置成本明细分类账。
企业运输船舶所发生的船舶直接费用应根据原始凭证和费用分配表直接记入运输成本明细分类账的有关项目，船舶临时从事非运输工作(如救援、临时出租、短期征用等)所发生的船舶直接费用，仍在有关船舶的成本明细账内归集，在计算运输成本时予以扣除。
企业的交通工作船舶、供应船舶、流动修理船舶以及自营港埠的港作船舶、趸船等应分别在“辅助营运费用”和“营运间接费用”中设立明细账、登记并汇集所发生的费用。不得直接记入运输成本。
企业归集的船舶直接费用，应按下列规定分别由客运、货运、油运、排运等运输种类负担:
(1)客轮费用应全部由客轮客运成本负担;
(2)货轮费用应全部由货轮货运成本负担;
(3)油轮费用应全部由油轮油运成本负担;
(4)客货轮费用应分摊记入客货轮客运成本和货运成本中;
(5)拖(推)轮费用应分摊记入拖(推)驳客运成本和拖(推)驳货运(油运、排运)成本。
(6)驳船费用应按驳船种类分摊记入拖(推)驳客运成本和拖(推)驳货运(油运)成本。
(7)拖轮排运的扎排费用，应直接记入拖轮排运成本。
客货轮的船舶直接费用应按下列办法在客货轮客运和客货轮货运之间分摊:
(1)客货轮的船舶直接费用中可以直接由客运和货运成本负担的费用，应分别直接记入客货轮客运和客货轮货运成本。
(2)客货轮费用中不能直接记入客运或货运成本的共同性费用，应按客货运换算周转量的比例分摊。计算公式为:
每千换算吨公司费用=客货轮船舶直接费用/客货运换算周转量
客货轮客运应负担费用=客货轮客运换算周转量×每千换算吨公里费用
客货轮货运应负担费用=客货轮货运换算周转量×每千换算吨公里费用
为了简化分摊手续，对客货轮费用中不能直接记入客运或货运成本的共同性费用，也可按客货轮载客定额(人)和载货定额(吨)的比例分摊。
拖(推)轮的船舶直接费用应按下列公式计算分摊:
每营运千瓦天拖(推)轮费用=拖(推)轮船舶直接费用/拖(推)营运千瓦天
某运输种类应负担拖(推)轮费用=某运输种类使用拖(推)轮营运千瓦天×每营运千瓦天拖(推)轮费用
驳船的船舶直接应按下列公式计算分配：
每营运吨天驳船费用=驳船的船舶直接费用=驳运船舶营运吨天
某运输种类应负担的驳船费用=某运输种类使用驳船吨天×每营运吨天驳船费用
企业拖驳运输(包括分节驳顶推运输)若拖(推)轮和驳船固定搭配使用，搭配使用的拖(推)轮和驳船的船舶费用可合并归集，在计算拖驳运输成本时不再进行分配。如临时使用其他船舶生产营运，可按上述办法计算分配。
企业各类运输船舶的船舶直接费用，在计算运输成本时，应扣除与运输成本无关的费用(临时从事非运输工作所应负担的船舶直接费用)，其中客轮、客货轮、货轮、油轮、驳船应按每营运吨天的船舶直接费用和船舶从事非运输工作营运吨天计算。拖(推)轮应按每营运千瓦天船舶直接费用和船舶从事非运输工作营运千瓦天计算。计算公式分别为:
每营运千瓦天的船舶直接费用=船舶直接费用/船舶营运千瓦天
与运输成本无关的费用=每营运千瓦天的船舶直接费用×船舶从事非运输工作营运千瓦天
企业应将各运输种类负担的船舶直接费用，按月编制“船舶直接费用分配表”据以记入各运输种类成本。
2.有封冻、枯水等非通航期的企业应设置“船舶维护费用”明细分类账，并按规定的费用项目设置专栏进行明细核算(非通航期的内河运输企业船舶维护费用，可按航期前、航期后分别设立明细分类账)，财会部门应根据有关记账凭证和费用汇总表;按照费用发生的先后，序时登记入账，归集实际发生的船舶维护费用。
企业在非通航期发生的船舶维护费用，航期前的费用视同“待摊费用”处理，航期后的费用视同“预提费用”处理。
通航期前的船舶维护费用的分摊公式为：
计划分配率=通航前实际发生船舶维护费用/全年计划通航期天数
通航期某月份运输成本应负担船舶维护费用=该月份通航天数×计划分配率
通航期后的船舶维护费用的分摊公式为：
计划分配率=通航后的船舶维护费预算数/全年计划通航期天数
通航期某月份运输成本应负担船舶维护费用=该月份通航天数×计划分配率
企业应将通航期每月运输成本应负担的船舶维护费用，按照各运输种类船舶费用的比例分摊，编制“船舶维护费用分配表”据此记入各运输种类成本。
年度终了，企业应将全年的船舶维护费用实际发生数与分配数的差额，调整当年的运输成本。
3.企业应按集装箱类型设置“集装箱固定费用”明细分类账，按规定的费用项目设置专栏进行明细核算。
所发生的集装箱固定费用，能直接记入营运成本的则直接记入，不能直接记入的需按一定比例分摊记入。由运输成本负担的集装箱固定费用，可按各运输种类船舶直接费用的比例分摊记入各运输种类成本。计算公式为:
集装箱固定费用分配率=集装箱固定费用/各运输种类船舶直接费用总额
某运输种类成本应负担的集装箱固定费用=该运输种类船舶直接费用×集装箱固定费用分配率
企业的集装箱固定费用，应在月终按实际发生数进行分配。
4.企业所发生的下属船队日常管理费用、企业自营港埠费用与船员基地费用等不能直接记入成本核算对象的营运间接费用，可以按照各种业务的直接费用的比例分配记入有关业务成本。计算公式为:
营动间接费用分配率=营运间接费用实际发生数/应分摊营运间接费用的各种业务直接费用总额
某种业务应分摊的营运间接费用=该种业务直接费用实际发生数×营运间接费用分配率
(二)内河运输业务总成本和单位成本，以会计期(年、季、月度)内实际发生的成本为计算基础。企业全部运输船舶所发生的船舶直接费用及分配由运输成本负担的船舶维护费用、集装箱固定费用和营运间接费用，扣除与运输成本无关的费用，即为企业的运输总成本。计算公式为:
运输总成本=船舶直接费用+船舶维护费用+集装箱固定费用+营运间接费用-成运输成本无关费用
运输总成本除以换算周转量即运输综合单位成本。计算公式为：
运输综合单位成本=运输总成本/换算周转量
企业各类船舶所发生的并按运输种类归集、分配的船舶直接费用和分配由各运输种类成本负担的船舶维护费用、集装箱固定费用及营运间接费用，扣除与该类运输成本无关的费用，即为各运输种类的总成本，各运输种类总成本按客、货运汇集即是企业客运和货运总成本。
各运输种类总成本和客、货运总成本分别除以各运输种类周转量和客、货运周转量即为各运输种类单位成本和客、货运输单位成本。计算公式为：
各运输种类单位成本=各运输种类总成本/各运输种类周转量
客(货)运单位成本=客(货)运总成本/客(货)运周转量
